بازگشت به تهران[ویرایش]
موقعیت حساس سیاسی و اجتماعی ایران موجب شد تا شیخ فضل‌الله با اشاره میرزای شیرازی و برای هدایت و پیشوایی جامعه ایران در سال 1303 ق. روانه تهران شود.[۱۵] شیخ فضل‌الله پس از مهاجرت به تهران، با اقامه جماعت و تألیف و تدریس علوم اسلامی و حوزوی پرداخت. مهارت او در فقه و اصول و سایر علوم اسلامی و شناختش از مسائل روز جامعه موجب شد تا خیلی زود مورد استقبال و توجه طلاب و روحانیان قرار گیرد. «مجلس درس شیخ در تهران دارای اعتبار و اهمیت فوق‌العاده بود و بسیاری از روحانیان به شركت در درس او مباهات داشتند و مجتهدان بسیاری در حوزه درس او حاضر و اغلب علمای تهران از افادات علمی او بهره می‌بردند».[۱۶]
در نهضت تنباكو[ویرایش]
شیخ فضل‌الله در نهضت تنباكو كه نخستین قیام فراگیر به رهبری روحانیت بود، نقش فعالی داشت. او نخستین عالمی بود كه به حمایت از میرزای آشتیانی برخاست.[۱۷] وی به عنوان نماینده میرزای شیرازی در تهران مورد توجه مردم و روحانیان بود. به طوری كه پس از لغو قرارداد تا وقتی كه میرزای شیرازی به وسیله شیخ فضل‌الله از لغو قرارداد اطمینان حاصل نكرد، حكم حرمت استعمال توتون و تنباكو را لغو ننمود.[