آخرین روزها[ویرایش] مشروطه‌خواهان پس از برقراری حكومت به تصفیه حساب با مخالفان مشروطه پرداختند. طرفداران استبداد یعنی شاه و درباریان وحشت زده هر كدام به جایی پناه بردند. اما مشروطه مشروعه به رهبری شیخ فضل‌الله چون كوه مقاوم و استوار بودند. پیشنهادهای مختلفی به شیخ فضل‌الله رسید تا به جایی پناهنده شود. سعدالدوله برای او پیام فرستاد كه با وزیر مختار روس و انگلیس گفتگو كردم و برای شما جای مناسبی در سفارتخانه تهیه كرده‌ام تا از خطر محفوظ باشید. یاران شیخ فضل الله خوشحال شدند اما شیخ بدون عكس العمل در مقابل این پیام «لاحول و لاقوه الاّ بالله» می‌گفت.[۳۰] پیشنهاد شد كه اجازه بدهید پرچم هلند را كه كشور بی‌طرفی است بر بام خانه نصب كنیم تا در امان باشید. شیخ با تبسمی استهزا گونه فرمودند: باید پرچم ما را روی سفارتخانه بیگانه نصب كنند. چطور ممكن است كه صاحب شریعت به من كه از مبلغین احكام هستم اجازه فرماید، پناهنده به خارج از شریعت شوم.[۳۱] وی در پاسخ پیشنهاد دیگری این چنین فرمود: آیا رواست كه من پس از هفتاد سال كه محاسنم را برای اسلام سفید كرده‌ام حالا بیایم و زیر پرچم بیگانه بروم! سرانجام مشروطه طلبان برای انتقام از شیخ فضل‌الله به منزل وی حمله كردند و شیخ را به شهربانی بردند. شیخ فضل‌الله چند روزی در شهربانی بود و در روز سیزدهم رجب برای محاكمه او را به عمارت گلستان بردند. «مدیر نظام نوابی» از مأموران شهربانی و از محافظان شیخ فضل‌الله ماجرای محاكمه شیخ را این گونه نقل می‌كند. اعضای دادگاه شش نفر بودند كه مقابل آقا روی نیمكت نشستند. شیخ ابراهیم زنجانی به عنوان دادستان دادگاه از آقا سئوال می‌كرد. او در موقع محاكمه به آقا حمله و بی‌احترامی می‌كرد و یك بار نیز گفت: شیخ! من از تو عالمترم. از مخارج تحصن سؤال شد و آقا برایشان توضیح داد و گفت دیگر پول نداشتیم وگرنه ادامه می‌دادیم. در بین محاكمه آقا اجازه نماز خواندن خواست و آن ها هم اجازه دادند. آقا عبایش را همان نزدیكی روی كف تالار پهن كرد و نماز ظهرش را خواند. اما اجازه ندادند كه نماز عصرش را هم بخواند. دوباره از تحصن سؤال كردند. در بین محاكمه یپرم‌خان از در پایین آهسته وارد تالار شد و پشت سر آقا روی صندلی نشست. آقا متوجه او نشد. ولی چند دقیقه‌ای كه گذشت حادثه‌ای پیش آمد كه وضع تالار تغییر كرد. من در این وقت از آقا قدرت و شجاعتی دیدم كه در تمام عمر ندیده بودم و آن وقتی بود كه آقا از افراد محاكمه كننده پرسید: «یپرم» كدامیك از شما هستید؟ همه به احترام یپرم از سر جایشان بلند شدند و یكی از آن ها با احترام «یپرم» را كه پشت سر آقا نشسته بود نشان داد و گفت یپرم خان ایشان هستند! آقا همان طور كه روی صندلی نشسته بود و دو دستش را روی عصا تكیه داده بود به طرف چپ نصفه دوری زد و سرش را برگرداند و با حالت خشم و تندی گفت: یپرم تویی؟ یپرم گفت بله و بلافاصله گفت: شیخ فضل‌الله تویی؟ آقا جواب داد: بله منم! یپرم گفت: تو بودی كه مشروطه را حرام كردی؟ آقا جواب داد: بله من بودم و تا ابدالدهر هم حرام خواهد بود. مؤسسان این مشروطه همه بی‌دین هستند و مردم را فریب داده‌اند. پس از آن رویش را برگرداند. در آن موقع كه این كلمات با هیبت مخصوصی از دهان آقا بیرون می‌آمد نفس از در و دیوار بیرون نمی‌آمد و همه ساكت و سراپا گوش بودند. تماشاچیان حاضر در تالار وحشت كرده بودند. من می‌لرزیدم و با خود می‌گفتم این چه كار خطرناكی است كه آقا در این موقع انجام می‌دهد! یپرم رئیس شهربانی و فرمانده نیروهای انتظامی است. موضوع محاكمه شیخ فضل‌الله همین چند سؤال پیرامون تحصن بود.