شهادت[ویرایش] بساز دار و مقدمات اعدام از شب قبل در میدان توپخانه فراهم شده بود. هنگامی كه آقا به طرف میدان توپخانه می‌رفت نگاهی به جمعیت و بعد رو به آسمان كرد و گفت: «أُفَوِّضُ أَمْرِی إِلَی اللَّهِ إِنَّ اللَّهَ بَصِیرٌ بِالْعِبادِ».[۳۲] دست حق در دست می‌آمد روان بر پای دارتا بلندآوازه سازد بعد از این آوای دار                        آنكه در آیینه اندیشه می‌بیند خدایكی كند اندیشه از رنج توانفرسای دار میدان توپخانه از جمعیت موج می‌زد. نیروهای دولتی مردم را كنار می‌زدند تا راه باز شود. در این لحظه آقا به عقب برگشت و در میان جمعیت خادم باوفایش را دید و گفت نادعلی! او هم بلافاصله خود را به آقا رساند. مردم همه سراپا گوش بودند. می‌خواستند بدانند او در لحظه آخر چه كاری دارد. در این وقت آقا دست در جیب كرد و كیسه‌ای بیرون آورد و به نادعلی داد و گفت این مُهرها را خُرد كن. او در این لحظه حساس هم دوراندیش و تیزهوش است و برای این كه پس از مرگش مشروطه طلبان سندسازی نكنند و از مهرها سوء استفاده نكنند، دستور خُردكردن آن ها را داده است. پس از آن آقا را روی چهارپایه قرار دادند و او از آن جا آخرین سخنان خویش را بیان كرد. سخنان او تأكیدی بر موضع اصولی و مكتبی گذشته‌اش بود. وی خطاب به جمعیت تماشاچی فرمود: خدایا! تو خودت شاهد باش كه من برای این مردم به قرآن تو قسم یاد كردم. خدایا! تو خودت شاهد باش كه در این دم آخر باز هم به این مردم می‌گویم كه مؤسسان این اساس بی‌دین هستند و مردم را فریب داده‌اند. این اساس مخالف اسلام است. محاكمه من و شما بماند پیش پیامبر اسلام. او با وجود ضعف و پیری و بیماری آخرین سخنان خویش را با شجاعت و شهامت كم‌نظیری بیان كرد و تنها ایمان و عشق به یك هدف مقدس است كه موجب می‌شود شخصی این چنین در مقابل مرگ و شهادت ایستادگی كند. او در پای دار چنان شجاع بود كه گویی دار از هیبت و عظمت او می‌لرزید.[ قبل از این كه ریسمان دار را به گردن وی بیندازند یكی از مشروطه‌خواهان برای او پیغام آورد كه شما مشروطه را امضا كنید و خود را از كشتن رها سازید! شیخ فضل الله گفت: من دیشب پیامبر صلی الله علیه و آله را در خواب دیدم و به من فرمود كه فردا شب مهمان من هستی و من چنین امضایی نخواهم كرد.[۳۵] و بعد از چند لحظه طناب دار را به گردن او انداختند و چهارپایه را از زیر پای وی عقب راندند و طناب را بالا كشیدند. در پای دار مشروطه طلبان شادی می‌كردند. شیخ فضل‌الله در راه حمایت از شریعت، سر و جان فدا كرد. او با شهادت خویش درس سرافرازی و جانبازی را تعلیم داد. پس از شهادت[ویرایش] پس از اعدام جسد شیخ شهید را به حیاط شهربانی منتقل كردند و در وسط حیاط بر روی یك نیمكت قرار دادند. مشروطه طلبان و دیگر افرادی كه نسبت به دین كینه و عداوت داشتند به جسد نیز حمله كردند. نیروهای مسلح با قنداق تفنگ، دیگران با لگد و... به طوری كه خونابه از جسد سرازیر شد. ابتدا از تحویل جسد به خانواده شیخ جلوگیری كردند و بعد از مدتی جسد را تحویل خانواده وی دادند. آنان نیز جسد را در خانه مخفی كرده، پس از حدود هیجده ماه آن را به قم بردند و در یكی از اتاق‌های صحن مطهر حرم حضرت معصومه علیهاالسلام به خاك سپردند. اعدام شیخ شهید نقاب از چهره مدعیان دروغین آزادی و عدالت برداشت و مردم فهمیدند كه مشروطیت سرابی بیش نبوده است. كم‌كم روحانیان دیگر نیز از مجلس و دولت كنار گذاشته شدند و زمینه جدایی دین از سیاست فراهم شد. آیات عظام نایینی، آخوند خراسانی، طباطبایی، بهبهانی و طباطبایی یزدی همگی از شهادت شیخ فضل‌الله متأثر شدند و دریافتند كه واقعیت‌های تلخی در پشت ظواهر فریبنده پنهان بوده است. اما دیگر دیر شده بود.