شهادت گروهک فرقان در راستای ترور مخالفین فکری علی شریعتی کسانی چون مرتضی مطهری، حاج مهدی عراقی، قاسم روحانی و محمد مفتح را ترور کرد. برخی معتقدند مفتح اجازه نداده بود فرقانی‌ها در مسجد قبا فعالیت کنند و از مفتح کینه به دل گرفته بودند، نکته‌ای که فرزند او رد کرده است.[۲۵] مفتح در روز ۲۷ آذرماه ۱۳۵۸، ساعت نه صبح در دانشکده الهیات به دست سه نفر از اعضای گروهک فرقان ترور شد و در یکی از حجره‌های حرم حضرت معصومه(س) دفن شد.[۲۶] امام خمینی با صدور پیامی شهادت او را تسلیت گفت.[۲۷]