تولّد آيتاللّه سيّد مصطفي خميني در سال 1309 ش در شهر مقدس قم چشم به جهان گشود. نامش را به مناسبت نام جدّش مصطفي گذاشتند. کودکي خود را در فضايي ملکوتي و در دامن خورشيد فروزنده اسلام و پدري بزرگوار و مادري پاکسرشت و در محيطي پر از معنويّت و صفا و صميميّت سپري نمود.   تحصيلات آيتاللّه سيّد مصطفي خميني تحصيلات ابتدايي را در مدرسههاي باقريّه و سنايي قم به پايان رساند. علاقه فراوان وي به علوم اسلامي و روحانيّت و همچنين راهنماييهاي پدر بزرگوار و دوستان دلسوزش موجب گرديد که بعد از اتمام دوران ابتدايي به صف طلاّب حوزه علميّه بپيوندد. وي در راه فراگيري علومِ اهلبيت تلاش فوقالعادهاي داشت و همين امر با عث شد که در اندکزماني به مراتب علمي و فرهنگي چشمگيري دست يابد و در کمتر از شش سال دروس سطح حوزه را نزد استاداني همچون آيات بزرگوار شيخ مرتضيحائري، شهيد صدوقي، سلطاني و شيخ عبدالجواد اصفهاني به پايان رسانَد. وي بعد از شش سال تحصيل دروس سطحِ حوزه، در 22 سالگي به دوره تخصّصي خارج اصول و فقه وارد شد و از محضر استادان بزرگواري همچون آيات عظام حجّت، بروجردي، محقّق داماد، امام خميني، شاهرودي، خوئي، محمد باقر زنجاني و محسن حکيم بهره برد و در 27 سالگي به درجه اجتهاد نائل گرديد. استعداد و نبوغ حاج آقا مصطفي خميني از جمله بهترين شاگردان حضرت امام بود. وي از چنان هوش سرشاري برخوردار بود که علاوه بر فقه و اصول، در علوم معقول و فلسفه و کلام نيز در اندکزماني به مراتب بالاي علمي دست يافت. او منظومه حکمت را نزد يکي از استادان فلسفه آموخت و بلافاصله به تدريس آن پرداخت و طولي نکشيد از استادان برجسته حکمت شناخته شد. او اسفار را از علاّمه مرحوم سيّد ابوالحسن رفيعي قزويني و علاّمه عاليقدر سيّد محمّدحسين طباطبايي فرا گرفت. به برکت هوش سرشار و استعداد فوقالعادهاي که داشت هنوز به سي سالگي نرسيده بود که در دانشهاي معقول و منقول از جمله افراد صاحب نظر حوزه شد