تأليفات سيّد مصطفي خميني از نوابغ و برجستگان حوزههاي علميّه بود که در زمان کوتاهي در عرصه علم و عمل به مدارج عالي نائل شد. وي در کنار تحصيل و تدريس علوم اسلامي در فرصتهايي که پيش ميآمد به تأليف و نگارش ميپرداخت هرچند به قول برادر بزرگوارشان مرحوم حاج سيّداحمد خميني، «متأسفانه سيّد مصطفي پس از اتمام مراحل لازم و آغاز تقرير و بيان نظريات علمي و اجتهادي خود به شهادت رسيد»، اما در زمينههاي مختلف کتابهاي ارزندهاي را به يادگار نهاده است که از جمله آنهاست: 1. تفسير قرآن در چهار جلد (ناتمام)؛ 2. تحريرات في الاصول (3 جلد)؛ 3. قواعد الحکميه: حاشيه و تعليقه بر اسفار ملاصدرا؛ 4_ حاشيه بر هدايه ملاصدرا؛ 5. حاشيه بر طبيعيات اسفار ملاصدرا؛ 6. حاشيه بر مبدأ و معاد ملاصدرا؛ 7. حاشيه بر بخشهايي از عروة الوثقي؛ 8. القواعد الرجاليه؛ 9. حاشيه بر خاتمه مستدرک الوسائل. طبق آنچه در ويژهنامه شماره 81 و 82 مجله حوزه آمده است، شماره آثار مرحوم آيتاللّه شهيد مصطفي خميني به بيش از چهل عنوان کتاب ميرسد.