مبارزات سياسي حاج آقا مصطفي خميني در دامن مکتبي بزرگ شده بود که سياست در آن عين ديانت به حساب ميآيد. لذا از همان روزهاي اول دوره جواني به دنبال پدر بزرگوارش در اين مسير قدم نهاد و با کمال جديّت و تلاش مشغول فعّاليّت شد. وي از سويي تحت تأثير شخصيّت نستوه پدر بزرگوارش حضرت امام خميني رحمهالله قرار داشت و از سويي ديگر به سبب شناخت عميق و متفکّرانهاي که نسبت به مسائل سياسي و فرهنگي روز کشور و جهان داشت، از همان سالهاي نوجواني و جواني به سوي مبارزات سياسي کشيده شد و توانست در روند حرکت پيروزمندانه انقلاب اسلامي ايران نقش مهمّي را ايفا نمايد. او کوشيد تا در تمامي سالهاي زندگي دست از جهاد و مبارزه برنداشته و همواره در مسير حمايت از دين و احکام الهي گام بردارد. ايشان در آغاز جواني با فداييان اسلام آشنا شد وي بعد از دستگيري حضرت امام رحمهالله در 15 خرداد سال 42، نقش بسزايي در به حرکت درآوردن نيروهاي مردمي داشت و قيام غرورانگيز مردم قم را رهبري کرد و با اين فرياد که «مردم، خميني را گرفتند» همه را بر ضدّ حکومت پهلوي بسيج نمود. او در تبعيدگاه ترکيه افزون بر ياري امام، پيامرسان نهضت اسلامي بود و از هر فرصتي که بهدست ميآمد، براي هدايت و مبارزه و افشاگري استفاده ميکرد مبارزه در زمان تبعيد مرحوم حاج آقا مصطفي خميني رحمهالله حتي در روزگاري که در عراق و نجف اشرف دوره تبعيد را ميگذراند در مقابل جنايتهاي استکبار جهاني به رهبري آمريکاي جهانخوار و صهيونيستها و دستگاه جبّار شاه و دولت بعث عراق سکوت نکرد و افزون بر مبارزه با نظام شاه از مبارزه با نظام بعث عراق نيز غافل نشد. فعّاليتهاي ايشان به حدّي بود که سبب شد در 21 خرداد سال 48 از طرف حزب بعث دستگير شده، به بغداد برده ميشود و رئيس جمهور عراق، حسن البکر، به او هشدار ميدهد که در صورت ادامه مخالفت، نظام عراق ناچار به تصميمي خواهد شد که موجب ناراحتي پدر بزرگوار او شود