شهادت مظلومانه وقتي حکومتهاي ايران و عراق نتوانستند فعاليّتهاي سياسي حاج آقا مصطفي را متوقّف کنند و وجودش را خطري جدّي براي حکومتهايشان تشخيص دادند، به فکر عملي کردن تهديدهاي خود افتادند و سرانجام در روز يکشنبه اوّل آبان 1356 ش، در حالي که بيش از 47 بهار از عمر او نميگذشت، به طرز مشکوکي او را مسموم کردند و به شهادت رساندند. مرحوم حاج سيّد احمد خميني در اينباره ميفرمايند: «آنچه ميتوانم بگويم و شکي در آن ندارم اينکه ايشان را شهيد کردند؛ زيرا علامتي که در زير پوست بدن ايشان روي سينه، روي سر و دست و پا و صورت ايشان بود، حکايت از مسموميّت شديد ميکرد و من شکي ندارم که او را مسموم کردند. اما چگونه اين کار صورت گرفته، نميد انم. ولي همينقدر بگويم که ايشان چند سا عت قبل از شهادت در مجلس فاتحهاي شرکت کردند که در آنجا بعضي از ايادي رژيم پهلوي دستاندرکار دادن چاي و قهوه بودهاند».   آيت اللّه مصطفي خميني در نگاه امام حضرت امام خميني رحمهالله در توصيف حاج آقا مصطفي فرمودند: «من اميد داشتم که اين مرحوم (حاج آقا مصطفي) شخص خدمتگزار و سودمند براي اسلام و مسلمين باشد، ولي «لا رادَّ لَقضائِهِ وَ اِنَّ اللّهَ لَغَنيٌ عَنِ العالمين»؛ [تقدير الهي چيز ديگري بود و هيچ امري نميتواند قضا الهي را مانع گردد]».