علاّمه سيّدمصطفي از نگاه بزرگان   حضرت آيت اللّه بهاءالديني رحمهالله آيتاللّه بهاءالديني رحمهالله درباره حاج آقا مصطفي خميني ميفرمودند: «آيت اللّه حاج آقا مصطفي خميني دانشهاي عقلي و نقلي و سياست اسلامي و ديني را در جواني ياد گرفته و به جايي رسيده بود که از نخبگان زمان ما، بلکه عصرها و زمانها، بود. درستگفتار و نيک سيرت بود. با کمال زيرکي و هوشياري به نفوس آگاهي داشت. در انقلاب اسلامي و حوادث آن نقش بسيار ارزندهاي داشت». مقام معظّم رهبري حضرت آيتاللّه خامنهاي مقام معظم رهبري در تجليل از شخصيّت حاج آقا مصطفي ميفرمايند: «سيّد مصطفي خميني يکي از شخصيتهاي بالقوّه و بالفعل اسلام بود. او شخصيّتي همهجانبه داشت و چنين به نظر ميرسيد که همه خصوصيّات مثبت در وجود ايشان در حال رشد و ترقّي است. بنده ايشان را به عنوان يک چهره برجسته حوزه علميه قم از سالهاي قبل ميشناختم و تجليل از مقام [و] منزلت وي در واقع احترام به حضرت امام رحمهالله و تجليل از ارزشهاي اسلامي و انقلابي محسوب ميشود».