سید حسن مدرس در سال ۱۲۸۷ق/۱۲۴۹ش در روستای سرابه، از توابع شهرستان اردستان در استان اصفهان، متولد شد. پدرش سیداسماعیل طباطبائی امور شرعی مردم آن روستا را به عهده داشت. سید حسن بعد از تحصیلات مقدماتی و به منظور ادامه تحصیل علوم دینی، در سال ۱۲۹۸ق نزد جدش سید عبدالباقی، به مدت ۱۳ سال در حوزه علمیه اصفهان مشغول تحصیل شد. مقدمات ادبیات عرب، منطق و بیان را نزد اساتیدی چون میرزا عبدالعلی هرندی آموخت. با ملامحمدکاشی کتاب شرح لمعه در فقه و پس از آن قوانین و فصول را در علم اصول تحصیل کرد. از میرزا جهانگیر خان قشقایی عرفان و فلسفه آموخت. در درس سید محمد باقر درچه‌ای و شیخ مرتضی ریزی شرکت کرد و به درجه اجتهاد رسید. در شعبان ۱۳۱۱ق/۱۲۷۲ش وارد نجف و با شیخ حسنعلی نخودکی اصفهانی هم‌حجره شد. در درس سید محمد فشارکی و شریعت اصفهانی شرکت نمود و درس‌های خود را با سید ابوالحسن اصفهانی و سید علی کازرونی مباحثه می‌کرد. مدرس به هنگام اقامت در نجف روزهای پنجشنبه و جمعه هر هفته کار کرده، درآمد آن را در پنج روز دیگر مصرف می‌کرد. پس از هفت سال اقامت در نجف و تأیید مقام اجتهاد او از سوی علمای نجف در سال ۱۳۲۴ق به اصفهان بازگشت.