شامگاه ۱۶ مهر ۱۳۰۷ سرتیپ درگاهی، رئیس شهربانی تهران و همراهانش به منزل مدرس هجوم آوردند و وی را ابتدا به یکی از روستاهای اطراف مشهد و سپس به شهر دورافتاده خواف تبعید کردند. شهید مدرس در خواف در قلعه‌ای نظامی زندانی شد و تحت نظر شدید مأموران امنیتی قرار گرفت و ممنوع‌الملاقات شد. دوران تبعید او بیشتر از نه سال طول کشید. سرانجام غروب ۲۶ رمضان سال ۱۳۵۷ق برابر با ۱۰ آذر سال ۱۳۱۶ش سه مأمور نزد مدرس آمدند و چای سمی را به اجبار به او خوراندند. ماموران که دیدند خبری از اثر سم نیست، عمامه سید را در هنگام نماز از سرش برداشتند، برگردنش انداختند و او را خفه کردند. وی در شهر کاشمر به خاک سپرده شد.[۲۴][۲۵]
در ایران به مناسبت شهادت سید حسن مدرس در ۱۰ آذر، این روز به نام روز مجلس نامگذاری شده است