پس از پايان جنگ تحميلي، او همچنان مديری توانا برای مهار و كنترل هر بحراني در سطح كشوربود. در اين رابطه، حضور موثر او در زلزله رودبار منجيل و سيل زابل و حوادث مشابه باعث شده بود كه؛ مسئولان ارشد كشور به حضور مرد بحرانهاي بزرگ و رزمنده هزار سنگر دلگرم و از ياري بي دريغ او براي خدمت به كشور بهره مند شوند. آخرين مسئوليت شهيد صنيع خاني قائم مقامي بنياد تعاون سپاه بود.اما حضور مستمر در صحنه هاي دفاع مقدس براي پشتيباني از يگانهاي رزمي، باعث شده بود در معرض گازهاي شيميايي دشمن بعثي قرار گيرد. سيد محمد در فاو و بخصوص در عمليات والفجر10 در حلبچه در معرض گازهاي شيميايي قرار گرفت و آسيب ديد. با توجه به عدم بروز مشكلات و آثار اوليه اين امر از ديد بستگان و خانواده مخفي نگه داشته شد و پس از شدت يافتن كسالت ايشان، توسط پزشكان معالج در لندن اعلام گرديد كه بيماري ايشان ناشي از آسيب هاي بمبهاي شيميايي مي باشد.