صبر و استقامت، فداکاری و شهادت‌طلبی از خصایص بارزی بود که وجود سید را بسان شمعی در انقلاب ذوب نمود و جان شیرینش را فدای جانان کرد. نحوه شهادت در ساعت 30/19 دقیقه سه شنبه هفتم مهرماه 1360 (بعد از عملیات ثامن‌الائمه) یک فروند هواپیمای سی-130 از اهواز به مقصد تهران در حرکت بود تا بدن پاک و مطهر شهدا را به خانواده‌هایشان و مجروحین عزیز جنگ را به بیمارستان‌ها برساند، که در منطقه کهریزک تهران دچار سانحه شد و سقوط کرد. از جمله شهدای این سانحه تیمسار سرلشکر شهید ولی الله فلاحی (جانشین رئیس ستاد مشترک آجا)، سرتیپ شهید موسی نامجو (وزیر دفاع)، سرتیپ خلبان شهید جواد فکوری (مشاور جانشین رئیس ستاد مشترک آجا)، سردار سرلشکر پاسدار شهید یوسف کلاهدوز (قائم مقام فرماندهی کل سپاه) و سردار سرلشکر پاسدار شهید سید محمد علی جهان‌آرا (فرمانده سپاه خرمشهر) بودند. شهید سید محمد علی جهان‌آرا پس از سال‌ها مبارزه، تلاش و فداکاری خالصانه در سخت‌ترین شرایط، به آرزوی دیرین خود رسید و به شرف شهادت نایل آمد.