ماجرا از آنجا شروع شد که امام خمینی (ره) ۱۳ خرداد سال ۱۳۴۲ که عاشورا بود در مدرسه فیضیه قم بر ستم رژیم پهلوی شمشیر کشید؛ «شما انقلاب سفید به پا کردید؟ کدام انقلاب سفید را کردی آقا؟ چرا این قدر مردم را اغفال میکنید؟... واللّه، اسرائیل به درد تو نمیخورد، قرآن به درد تو میخورد. امروز به من اطلاع دادند که بعضی از اهل منبر را بردهاند در سازمان امنیت و گفتهاند شما سه چیز را کار نداشته باشید، دیگر هر چه میخواهید بگویید؛ یکی شاه را کار نداشته باشید، یکی هم اسراییل را کار نداشته باشید، یکی هم نگویید دین در خطر است. این سه تا امر را کار نداشته باشید، هر چه میخواهید بگویید. خوب، اگر این سه تا امر را ما کنار بگذاریم، دیگر چه بگوییم؟! ما هر چه گرفتاری داریم از این سه تاست، تمام گرفتاری ما آقا، اینها خودشان میگویند، من که نمیگویم، به هر که مراجعه میکنی، میگوید: شاه گفته؛ شاه گفته مدرسه فیضیه را خراب کنید؛ شاه گفته اینها را بکشید».
نتیجه هم معلوم است. اولین ساعات بامداد ۱۵ خرداد ماموران خانه امام (ره) را محاصره کردند و ایشان دستگیر شدند و بلوا شد.