ادامه تحصیلات در قم در ۱۳۵۳ش دوباره تصمیم گرفت برای ادامه تحصیل به نجف برود، اما دولت عراق به وی روادید نداد؛ از این‌رو، در همان سال راهی قم گردید و نزد اساتید این حوزه، مانند مکارم شیرازی، وحید خراسانی، تبریزی، حرم پناهی و سید کاظم حائری، اصول، فقه و تفسیر آموخت. همچنین از درس فلسفه مرتضی مطهری بهره برد. اخراج از ایران او هنگام تحصیل در قم در تظاهرات برضد حکومت پهلوی شرکت می‌کرد و به همین سبب بازداشت شد. چون وی از امضای تعهدنامه، مبنی بر شرکت نکردن در تظاهرات، سخنرانی‌ها و ارتباط با انقلابیون، خودداری کرد، در اواخر دی ۱۳۵۷، مجبور به ترک ایران شد و به پاکستان بازگشت. بازگشت به وطن وی از ۱۳۵۷ش تا اواخر ۱۳۶۳ش در مدرسه جعفریه پاراچنار به تدریس پرداخت. حسینی از مدرسه جعفریه پاراچنار در شبهای جمعه به دانشگاه پیشاور می‌رفت و اخلاق اسلامی تدریس می‌کرد.