زندگی شهید بقایی پیوسته قرین با عبادت و زهد و خداجویی بود. از کودکی در جلسات قرائت قرآن شرکت می کرد و توجه زیادی به دعا و زیارت ائمه اطهار داشت و می گفت همین مراسم روضه خوانی است که ما را نگه داشته است. برای اقامه نماز و جماعت اهمیت فوق العاده ای قائل بود. در هنگام نماز آن قدر خشوع داشت که دیگر برادران به حالش غبطه می خوردند. علاقه زیادی به امام خمینی و روحانیت داشت و می گفت: «شما فقط ببینید که امام خمینی تا چه می گوید و از او تبعیت کنید.» و خود سعی می کرد مبارزات سیاسی و مذهبی در مسیر مکتب باشد و با جواز شرعی عمل کند. علاقه عجیبی به نیروهای بسیج مردمی داشت. بارها دیده شده بود در مسیرش بسیجی ها را می دید، از ماشین پیاده می شد و با آنها مصافحه می کرد. او می گفت: «یکی از رمزهای موفقیت ما قدردانی از نیروهای مردمی است .