. با تشکیل دفتر هماهنگی و تحقیق و بازرسی در سپاه خوزستان و انتخاب شهید دقائقی به عنوان مسئول این دفتر و جهت همکاری با ایشان، به اهواز منتقل شد. یک ماه و اندی پس از شروع جنگ تحمیلی یعنی در اواخر آبان ماه سال ۱۳۵۹ به ایشان مأموریت داده شد، برای جلوگیری از هجوم دشمن که قصد تصرف جاده شوش را داشت و در آن موقع در ۵ کیلومتری آن مستقر شده بود، به شهرستان شوش رفته و سپاه آنجا را ساماندهی کرد و مدتی فرماندهی سپاه شوش به عهده ایشان گذاشته شد. ایشان علاوه بر طراحی عملیات و نبردهای موفق علیه دشمن که در قالب گروه های رزمی کوچک به اجرا در می آمد، به برادر دقائقی نیز در تشکیل آموزشگاه فرماندهی دسته ، گروهان و گردان کمک کرد. بر اثر لیاقت و شایستگی هایی که داشت به زودی به عنوان فرمانده قرارگاه و لشکر فجر برگزیده شد. شهید بقایی در عملیات فتح المبین به عنوان فرمانده قرارگاه فجر در طرح ریزی و هدایت یگان های عمل کننده جهت آزادسازی ارتفاعات ابو صلیبی خات ، نقش بسیار مؤثر و مهمی داشت؛ در واقع آزادسازی این محور حساس و با اهمیت با همکاری و هماهنگی و هدایت مناسب این شهید بزرگوار و شهید حسن باقری در فرماندهی قرارگاه نصر محقق شد. در شناسایی و طراحی عملیات بیت المقدس در کنار شهید حسن باقری همچون دیگر نبردها نقش به سزایی داشت. در این عملیات او با برنامه ریزی دقیق و هماهنگ توانست نیروهای تحت امر خود را با همیاری برادران جان بر کف هوانیروز ، از شمال فکه به جنوب انتقال داده و قرارگاه تحت فرماندهی ایشان "فجر" در کنار قرارگاه نصر و قرارگاه فتح ، مسئولیت شکستن حصر دفاعی خرمشهر را به عهده گرفت و با نبرد دلاورانه و با هماهنگی کامل، خونین شهر را به دامان میهن اسلامی بازگرداند. ایشان پس از عملیات رمضان به سمت فرماندهی قرارگاه کربلا منصوب شد.