این سفر آخر دو اتفاق برای ایشان رخ داد که ذکر آن لازم است. ایشان یکبار در مکه دستگیر شدند و به نقل از حاج آقا مولایی دبیر نشریه افق حوزه که با ایشان همراه بود، ماجرا از این قرار بوده که جمعی از طلاب در حیاط مسجدالنبی به دنبال آیت الله مؤیدی حرکت می کردند و به تدریج شیعیان از کشورهای مختلف برای ابراز ارادت، دور ایشان جمع شدند و جمعیت بزرگی گرد آمد. سعودی ها هم شدیدا به تجمعات حساس هستند و وقتی از دوربین ها این صحنه را دیدند، سریع به محل آمدند و ایشان را دستگیر کردند. خلاصه ایشان چند ساعتی بازداشت بودند و با پیگیری های مسئولان ایران بالاخره آزاد شدند. موضوع دیگر نیز این بوده که شیعیان مدام از ایشان درخواست می کردند تا برایشان سخنرانی کند و ایشان هم طبق معمول بسیار تند صحبت می کردند و برای سخنرانی هر شب به یک هتل می رفتند. در یکی از این سخنرانی ها کاغذی به ایشان دادند که روی آن نوشته بود در بین جمعیت جاسوس هایی هستند و بعد هم خبر دادند که هرچه سریعتر سخنرانی باید تمام شود و خلاصه ایشان را از در دیگرهتل فراری دادند.