در این روزگار بر اثر بی کفایتی فتحعلی شاه قاجار، ولآیات شمال ایران به اشغال ارتش روس درمی اید. پس از این شکست در سال 1228ق جنجال آفرینی های انگلستان و فرانسه به سبب دست یابی به منافع بیشتر در ایران شدت پیدا می کند. شهید ثالث در این شرایط برای نخستین بار با طرح نظریه ولایت فقیه حکومت پادشاهی را نامشروع اعلام می کند. این اقدام ایشان از یک سو و قیام خاندان برغانی از سوی دیگر، و مشکلاتی که ممکن بود برای حکومت قاجار به وجود بیاورند موجب ترس پادشاه و کینه او نسبت به شهید ثالث گردید؛ وی برای کنترل این جریان از علمای بزرگ تهران دعوت به عمل می آورد تا در حضور او به بحث و مناظره علمی در این باره بپردازند.
سرانجام پس از جلسات و مذاکرات فقها در دربار، ملا محمد تقی نظریه «رهبری فقیهان در عصر غیبت کبری» را عنوان کرده و خواستار سلب «اختیار تام» از شاه و شاهزادگان می شود.
ملا محمد صالح نیز در تایید آرای فقهی برادرش، دلایل خود را بیان کرده و تصمیمات راجع به جنگ را منوط به اجازه فقها می داند. اکثر عالمان حاضر سخنان شهید ثالث را مورد قبول دانسته و خواستار اجرای آن می شوند؛ ولی ملا محمد علی مازندرانی جنگلی این سخنان را ردکرده و به دفاع از نظام سلطنت می پردازد. فتحعلی شاه که از فتوا و حکم شهید ثالث هراسناک شده بود، برای ایمن شدن از این مسئله، بهترین راه ممکن را در این می بیند که او و برادرانش را به عراق تبعید کند.