در عصر شهید ثالث، جنبش های فکری و جریانات انحرافی متعددی در حال شکل گیری و گسترش بود و در صورت عدم تلاش ملا محمد تقی و دانشمندان هم عصر او امکان داشت که این به ظاهر مذاهب، رفته رفته اثری از تشیع باقی نگذارند. عمده ترین مکاتب انحرافی و مذاهب استعماری عصر وی، عبارت بودند از:
الف. وهابیت: که با ترویج گرایشات احمد بن حنبل سعی داشتند به کل هر گونه ارزشی را از ائمه معصومینعلیهم السلام سلب کنند تا چه برسد که فرصتی برای ولایت فقیهی عادل از جانب ایشان بر جامعه بماند.
ب. شیخیه: این مکتب از سوی دیگر سعی داشت با کنار زدن کامل عقل و علم اصول عوام الناس را به توسلات افراطی برای به دست آوردن ساده ترین مسلّمات عقلی وادارد و هر گونه بینش سیاسی را از آنها سلب کرده و جامعه را برای چپاول توسط استعمارگران تیزدندان آماده سازد.
ج. بابیه: نیز با گرایشات افراطی و فضیلت تراشی های خود و ابراز تنفر از سایر فرق خواستار یکپارچگی مردم در خدمت به سردمداران خود بود.
نقش ملا محمد تقی در مبارزه با شیخیه بسیار پررنگ است زیرا تابوی شیخیه را که با حضور بنیان گذار آن شیخ احمد احسائی و حضور او در دربار هر روز دور از دسترس تر می شد که با فتوای خود مبنی بر مرتد بودن او و پیروانش در هم شکست.
ملا محمد تقی شیخیه را فرقه ای با مبانی اعتقادی اشتباه نمی دانست بلکه آنان را منحرفان و مرتد از دین می دانست و در منابر خود تکفیرشان می کرد. شاید این اقدام تند او و عدم مناظره علمی با آنان باعث کینه ورزی علمای شیخی مسلک نسبت به او شد و پس از پیوستن طرفداران این فرقه به سید علی محمد شیرازی [باب] موجب به شهادت رسیدن ایشان توسط این افراد گردید.
شهادت
علامه سید محسن امین در اعیان الشیعه درباره کیفیت به شهادت رسیدن ایشان می فرمایند: قتل او توسط بابیه در مسجدش انجام گرفت و در حالی که او در حال سجده بود به او هشت ضربه وارد آوردند، او دو روز باقی ماند و سپس به رحمت خدا رفت.
شهید ثالث که پس از تحمل ضربات نیزه کوردلان دانست شهید شدنش قطعی است تمام تلاش خود را انجام داد تا با بیرون کشیدن جسم خونین خود مبادا حرمت مسجد را لکه دار کند