مبارزه علیه حکومت پهلوی
در پی اظهارات باهنر در سال ۱۳۵۰ در خصوص جشنهای ۲۵۰۰ ساله شاهنشاهی؛ توسط ساواک احضار و سپس ممنوع‌المنبر گردید. باهنر در دوران ممنوع‌المنبر بودن فعالیتهای فرهنگی بسیاری از جمله تأسیس دفتر نشر و فرهنگ اسلامی، تأسیس مدرسه راهنمایی مفید، تأسیس و بنای کانون توحید و تأسیس مکتب امیرالمؤمنین(ع) را در کارنامه خود دارد. سال ۱۳۵۶ همزمان با گسترش تظاهرات و مخالفتهای مردم علیه رژیم پهلوی، باهنرهمگام با روحانیون متعهد دیگر به تلاشهای خود برای افشای چهره واقعی حکومت افزود و سخنرانی وی در شیراز منجر به دستگیری‌اش شد. تشکیل روحانیت مبارز و سازماندهی تظاهرات و اعتصابات از جمله اقدامات ایشان در آن برهه به شمار می‌رود.
امام خمینی چند ماه قبل از پیروزی انقلاب اسلامی به منظور سازماندهی انقلاب و هدایت نیروها دستور تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر و شهید مطهری، شهید بهشتی، شهید باهنر، عبدالکریم موسوی اردبیلی، اکبر هاشمی رفسنجانی را به عنوان هسته اولیه آن شورا تعیین نمودند. این شورا در دی ماه ۱۳۵۷ شکل گرفت و با توجه به وضعیت خاص کشور در پیش از پیروزی انقلاب اسلامی، نقش مهمی در هدایت و برنامه‌ریزی امور انقلاب ایفا نمود. اهداف کلی از تأسیس شورای انقلاب پاسداری از ثمرات مبارزات آزادیخواهانه مردم ایران، اجرای اهداف انقلاب، تأسیس نهادهای سیاسی جدید و ایجاد حکومت جمهوری اسلامی در ایران بود. باهنر در ۲۰/۶/۱۳۵۹ در کنفرانسی خبری و رادیو تلویزیونی گزارش کاملی از عملکرد و فعالیتهای این شورا ارائه کرد. اعضای شورای انقلاب مانند حلقههایی پیوند قوای سه‌گانه را با شورای انقلاب میسر می‌کردند
محمدجواد باهنر و سید محمد حسینی بهشتی به همراه جمعی از شخصیتهای دیگر به تأسیس حزب جمهوری اسلامی در سال ۱۳۵۷ اقدام کردند. نقش باهنر در حزب تعیین کننده بود. پس از شهادت بهشتی، باهنر به دبیرکلی حزب انتخاب شد و این مسئولیت را تا زمان پذیرش پست نخست‌وزیری بر عهده داشت. در پی برکناری بنی صدر از مقام ریاست جمهوری و انتخاب شهید رجایی به عنوان رئیس‌جمهور، در سال ۱۳۶۰ دکتر باهنر به عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی شد. عمر کابینه او بسیار کوتاه بود زیرا هشتم شهریور ۱۳۶۰ دفتر ریاست جمهوری توسط سازمان مجاهدین ایران (منافقین) منفجر شد و محمدعلی رجایی رئیس‌جمهور و باهنر نخست‌وزیر و عده‌ای دیگر به شهادت رسیدند.