خصوصیات اخلاقی شهید باهنر شهید بزرگوار دكتر باهنر در كنار تحصیل علوم و همت و تلاش خستگی ناپذیر در پیشرفت تحصیلی در زمینه كسب كمالات اخلاقی و اتصاف به اخلاق حسنه اسلامی، مجاهدات و مراقبت هایی را مبذول می داشت. در این زمینه گفتار مقام معظم رهبری بسیار گویاست: "... ایشان خصوصیات اخلاقی داشت كه نظیر آن را ما خیلی كم داریم؛ مرحوم شهید مطهری و بیش از ایشان شهید بهشتی بسیار شیفته خصوصیات اخلاقی دكتر باهنر بودند مهمترین خصوصیات ایشان این بود كه كار زیاد و مفید و جمع و جور را بدون هیچگونه تظاهر و هیجان ظاهری انجام می داد.مردی عمیق، صبور و بردبار، كم حرف، متین، پركار، جدی، صمیمی، صدیق و با صفا بود. ایشان در نوشتن خوش ذوق، ادیب و دارای نوشته ای آهنگین و زیبا بود. و به هر حال یك انسان كم نظیر و برجسته بود." در مورد خصوصیات اخلاقی شهید باهنر، حجةالاسلام مهدوی كرمانی كه مدت های مدید با ایشان در مدرسه حجتیه هم حجره و هم بحث بوده اند نكات جالبی بیان می دارند: " بطور كلی برخورد شهید با كسانی كه نزد ایشان می آمدند بسیار صمیمی و دوستانه بود و حتی می توانم بگویم كه ایشان از برادر نیز نزدیكتر بودند و بسیار هم خودمانی صحبت می كردند. وی تا آنجا كه می توانست نمازش را اول وقت و با جماعت اقامه می كرد و معمولاً اول غروب در صحن مدرسه فیضیه به نماز جماعتی كه به امامت آیة الله اراكی تشكیل می شد حضور می یافت و ظهرها هم در نماز جماعتی كه به امام مرحوم آیة الله زنجانی برگزار می شد شركت می كرد و مدتی كه ما با هم بودیم چون با هم یك درس مشترك داشتیم و از طرفی آن درس بعد از اذان صبح تدریس می شد در مسجد حاضر شده باشیم و بدین ترتیب ایشان نماز صبح را نیز به امامت آیة العظمی مرعشی نجفی و یا آیة الله العظمی گلپایگانی اقامه می كرد و اعتقاد زیادی به نماز شب و زیارت جامعه كبیره و سایر ادعیه داشت كه در مواقع تنهایی به آنها مشغول بود هم چنین مواقعی كه به اتفاق دوستان به مسجد جمكران می رفتیم بیشتر اوقات پیاده بودیم و ایشان طبق دستورانی كه در آداب مسجد جمكران نوشته شده، كاملاً عمل به آنها را رعایت می كرد