سرپرستی مدارس الزهراء مدارس الزهراء، مجموعه مدرسه‌های وابسته به صندوق خیریه اسلامی (جمعیة صندوق الخیری الاسلامی) بودند. این مدرسه‌ها به هدف تقویت فرهنگ دینی در کودکان در شهرهای بصره، دیوانیه، حله، نجف، کاظمین و بغداد تأسیس شدند. مرکزیت این مدرسه‌ها با مدرسه بغداد بود. شهیده بنت‌الهدی دو ماده درسی را -علاوه بر دروس مرسوم آموزشی- در این مدارس جای داد و از معلمانی استفاده می‌کرد که به شئون اسلامی اهتمام خاصی داشتند. در ۱۹۶۷ م. بنت‌الهدی، سرپرست این مجموعه در نجف و کاظمین شد. او در این زمان سرپرست یک مدرسه دینی دیگر در نجف هم بود. از این‌رو هفته‌اش را تقسیم کرده بود، نیمی از هفته را در نجف بود و نیم دیگر در کاظمین. او بعد از ساعت اداری مدرسه، به معلم‌ها آموزش‌های تربیتی می‌داد و بعدازظهرها را به پاسخگویی به سؤالات دانشجویان می‌گذراند. در ۱۹۷۲ م. بخشنامه‌ای مبنی بر لزوم الحاق این مدارس به وزارت تعلیم و تربیت عراق از سوی دولت صادر شد. با صدور این بخشنامه بنت‌الهدی از مسئولیت این مدارس کناره‌گرفت و دعوت رسمی دولت طی نامه‌ای از او بر ادامه همکاری در این مدارس نیز نافع نیفتاد. ] او در پاسخ به سوال از سبب ترک همکاری در این مدرسه‌ها می‌گفت: لم یکن الهدف من وجودی فی المدرسه الا نوال مرضاة الله و لما انتفعت الغایة من المدرسة بتأمیمها فما هو جدوی وجودی بعد ذلک؟! من به هدف تحصیل رضای خدا در این مدرسه‌ها کار می‌کردم. با ملی شدن (تحت نظارت دولت بعث در آمدن) این مدارس، ماندن من در این‌جا چه توجیهی خواهد داشت؟ — بنت‌الهدی صدر، الحسون، اعلام النساء المؤمنات، ۱۴۱۱ق، ص۷۸-۷۹ به نقل از ملحق صحیفه الجهاد الصادر بتاریخ ۲۰ جمادی الثانیه ۱۴۰۳ ق. نیسان ۱۹۸۳ م.