سید موسی صدر در سال 1329 وارد دانشکدة حقوق، و در رشتة اقتصاد از دانشگاه تهران در سال 1332 فارغ‌التحصیل می‌شود. او اولین روحانیی است که به دانشگاه وارد شده است. وی به زبانهای عربی، انگلیسی و فرانسه آشنایی کامل داشت. در همین سال بود که پدر بزرگوار او از دنیا می‌روند.
ورود به حوزة علمیة نجف
سید موسی صدر پس از آن به نجف می‌رود تا دورة جدید تحصیلات حوزوی خود را آغاز کند و تا سال 1337 در نجف می‌ماند و به تکمیل این تحصیلات می‌پردازد. در این سالها نزد آیات عظام سید محسن حکیم، تصویر شناسنامة امام موسی صدر شیخ مرتضی آل‌یاسین، سید عبدالهادی شیرازی و شیخ حسین حلی به فراگیری فقه و در محضر آیت‌االعظمی سید ابوالقاسم خویی به فراگیری اصول می‌پردازد و فلسفه را نیز نزد آیت‌ا شیخ صدرا بادکوبه‌ای می‌آموزد. در نجف به عضویت هیئت امنای جمعیت « منتدی النشر » در آمد و در حوزة نجف نیز رسائل ( اصول )، مکاسب (فقه) و شرح منظومه ( فلسفه ) را تدریس کرد. هم بحث‌های ایشان در نجف، آیت‌ا شهید سید محمد باقر صدر و مرحوم سید محمد علی موحد ابطحی بودند.