بعد از مرگ او، تلاش‌های خواهرش صاحبه در خمین، برای اجرای حکم قصاص قاتل به نتیجه نرسید و در نتیجه همسرش هاجر – مادر روح‌الله – برای گرفتن حکم قصاص قاتل راهی تهران – دارالحکومه وقت – شد. در این سفر، دو پسر بزرگ هاجر – مرتضی و نورالدین – هم همراه او بودند و براساس یک روایت، روح‌الله شش‌ماهه نیز بر آغوش وی بود. سرانجام در ربیع‌الاول ۱۳۲۳، جعفر قلی‌خان قاتل سیدمصطفی به دستور عین‌الدوله، صدراعظم آن دوران، در تهران و در ملاءعام به دار آویخته شد