پس از پیروزی انقلابویرایش شریف قنوتی در ۲ دی سال ۱۳۵۷ از زندان اهواز رهایی یافت و به بروجرد بازگشت و به سازماندهی راهپیمایی‌ها و مبارزات مردمی پرداخت. با پیروزی انقلاب اسلامی، شریف قنوتی بار دیگر به اردکان رفت و بنا به درخواست مردم منطقه، مسئولیت نمایندگی شورای شهر را بر عهده گرفت. او باز هم به فعالیت‌های عمرانی و اجتماعی مشغول شد و به رفع مشکلات فرهنگی مردم پرداخت. شریف قنوتی پس از چندی، به عنوان دادستان انقلاب بروجرد به خدمت مشغول شد جنگ ایران و عراقویرایش با آغاز جنگ برای اولین بار ستاد کمک رسانی به مناطق جنگی جنوب و غرب کشور را در بروجرد به راه انداخت و در ۳ مهر ۱۳۵۹ با کاروانی متشکل از چندین کامیون (به قولی ۲۱ کامیون) آذوقه اهدایی مردم بروجرد به خرمشهر اعزام گردید. پس از بازگشت، در بسیج نیروهای مردمی و اعزام آنان به جبهه‌های نبرد فعال شد. در اواسط مهر به همراه تشکلی از جوانان بروجرد به خرمشهر رفت و خود لباس رزم پوشید و با تشکیل گروه‌های چریکی الله اکبر و گروهان‌های مقاومت، به دفاع از آن پرداختند. شیخ شریف علاوه بر فرماندهی برخی از محورها در خرمشهر و هدایت نیروها، مسئولیت تأمین مهمات نیروها را هم عهده‌دار بود. دستور پیشروی یگان‌های دشمن به سوی خرمشهر، در ۲۴ مهر ۱۳۵۹ صادر شد و خیابان چهل متری این شهر، به‌عنوان خیابان مرکزی، شاخص تقسیم نیروها و محورها قرار گرفت. با گذشت ساعاتی از روز، در حالی‌که مدافعان اندک شهر به مقابله مشغول بودند، یگانی از نیروهای دشمن با راهنمایی ستون پنجم، خود را به خیابان چهل متری رساند و با استقرار تیربار در چند نقطه و موضع‌گیری تک تیراندازان در ساختمان‌های مسلط بر این خیابان، محور مرکزی و اصلی‌ترین راه پشتیبانی و رفت‌وآمد نیروهای مدافع را بستند. دشمن، ماشین حامل شریف قنوتی را در این خیابان هدف قرار داد. پس از برخورد هفت ـ هشت گلوله به بدن شهید، ماشین با آرپی‌جی هدف قرار گرفت و واژگون شد. دشمن که از همان ابتدا در پی دستگیری شریف قنوتی بود، او را اسیر کرد و با سر نیزه کلاشینکف، به شقیقه او ضربه زد و او را کشت.[۵] محمد حسن قنوتی اولین روحانی کشته شده جنگ ایران و عراق است شیخ شریف در گلزار شهدای آبادان دفن شده‌است. با این وجود دو مقبره‌ی دیگر برای یادبود در شهرهای بروجرد و اردکان ساخته شده است