یک خمینی را اسیر کردیم/ یک خمینی را کشتیم
عبدالرحیم سعیدی‌راد، در کتاب شهید قنوتی به تفصیل، واقعه شهادت شیخ شریف قنوتی را چنین روایت می‌کند:
"دستور پیشروی یگان‌های دشمن به سوی خرمشهر، در 24 مهر 1359 صادر شد و خیابان چهل‌متری این شهر، به عنوان خیابان مرکزی، شاخص تقسیم نیروها و محورها قرار گرفت. با گذشت ساعاتی از روز، در حالی که مدافعان اندک شهر به مقابله مشغول بودند، یگانی از نیروهای دشمن با راهنمایی ستون پنجم، خود را به خیابان چهل متری رساند و با استقرار تیربار در چند نقطه و موضع‌گیری تک‌تیراندازان در ساختمان‌های مسلط بر این خیابان، محور مرکزی و اصلی‌ترین راه پشتیبانی و رفت و آمد نیروهای مدافع را بستند. دشمن، ماشین حامل شهید شریف قنوتی را در این خیابان هدف قرار داد. پس از برخورد هفت، هشت گلوله به بدن شهید، ماشین با آرپی‌جی هدف قرار گرفت و واژگون شد.
دشمن که از همان ابتدا در پی دستگیری و شهادت شهید شریف قنوتی بود، پیکر مجروح او را اسیر کرد. آن‌ها خیلی خوشحال بودند که شیخ شریف را اسیر کرده‌اند. خیال می‌کردند، امام خمینی(ره) را اسیر کرده‌اند. آن‌ها اطراف شیخ را گرفته بودند و رقص و هلهله می‌کردند و فریاد می‌زدند: "اسرنا الخمینی! اسرنا الخمینی! ما یک خمینی را اسیر کرده‌ایم."
بعد از شلیک چند گلوله و به رگبار بستن شیخ، یکی از عراقی‌ها که فرمانده آن‌ها نیز بود، با سرنیزه به طرف شیخ شریف حمله‌ور شد. او به محض اینکه به شیخ رسید، از سمت چپ سرنیزه را در شقیقه شیخ فرو برد و چرخاند. از شیخ فقط آیه "انالله و انا الیه راجعون" شنیده شد.
ضربه دوم را که زد، فریاد شیخ به تکبیر الله‌اکبر بلند شد، ضربه سوم که پیشانی شیخ را از هم درید. شیخ زبانش را لای دو دندان گذاشت تا آرزوی شنیدن ناله را به دل دشمن بگذارد. عراقی‌ها چشمان او را از حدقه بیرون آوردند، ولی صدای ناله شیخ شریف قنوتی را نشنیدند.
آن مزدور با همان سرنیزه کاسه سرشیخ را جدا کرد. جمجمه‌اش را از جای عمامه برداشت. محاسنش را به خون سرش رنگین کرد. مغز سر شیخ نمایان شد و پس از افتادن کاسه سر به روی آسفالت گرم خیابان چهل متری خرمشهر، مغز سر شیخ نیز به روی زمین قرار گرفت، بعد بدن مقدسش به آرامی به حالت نشسته کنار زمین افتاد.
بعثی‌های جنایتکار در اطراف بدن مقدس شیخ شریف به رقص و پایکوبی پرداختند هلهله می‌کردند و فریاد می‌زدند: "قتلنا الخمینی، قتلنا الخمینی، ما خمینی را کشتیم..."
شیخ شریف: باید فرقم مانند مولایم علی شکافته شود تا بمیرم
نحوه شهادت شیخ، همانگونه شد که شریف قنوتی در سال 1352 حدود هفت سال پیش از شهادتش گفته بود که خیال کردید من به این مفتی‌ها می‌میرم. من باید فرقم مانند مولایم علی ـ علیه السلام ـ شکافته شود و اینگونه بود که فرق شیخ شریف قنوتی شکافته شد