شهید سیدکمال خالقی در مهر ۱۳۶۱ با قبول شدن در "مدرسه عالی شهید مطهری" در این مرکز علم و دانش مشغول تحصیل شد که این مرحله سرفصل نوینی در زندگی پر افتخار ایشان محسوب می شد. درس را با جدیت تمام ادامه داد و پیوسته در پی آن بود که روزنه ای پیدا شود تا خود را به دریای علم یعنی "قم" رساند و در آن بحر عظیم شنا کند ولی بعللی موفق نشد.
بالاخره شهید سیدکمال خالقی در مهر ماه ۶۲ برای مدتی مشغول تدریس در پادگان "۲۱ حمزه" تهران شد و تا زمان رسیدن شهادت در این سنگر به تعلیم و تدریس اشتغال داشت و در ضمن درس های مدرسه را نیز فراموش نمی کرد. سرانجام یک هفته قبل از عملیات خیبر با وجود مخالفت شدید مسئولین پادگان برای ششمین بار به جبهه شتافت تا دِین خود را به اسلام و انقلاب اسلامی ادا کند و با این عمل خود را جزو فرزانگان جاوید تاریخ سازد.