نخستین گزارش ساواک علیه وی در سال ۱۳۴۱ تهیه شد.[۸] شیخ احمد کافی یزدی در سحرگاه جمعه ۳۰ تیرماه ۱۳۵۷ مصادف با نیمه شعبان ۱۳۹۸ قمری بر اثر تصادف رانندگی به شکل مرموزی کشته شد. در این تصادف یک کامیون ارتشی با ماشین پژویی که احمد کافی خراسانی در آن قرار داشت و شخصی به نام عنابستانی رانندگی آن را به عهده داشت تصادف کرد.
احتمال کشته شدن
برادر احمد کافی یزدی، حسن کافی از احتمال کشته شدن احمد کافی یزدی در آمبولانس توسط عوامل ساواک، سخن گفته است. اما پس از ۳۵ سال از انقلاب هنوز ابهاماتی در مرگ مشکوک شیخ احمد کافی وجود دارد.
از نعمت‌الله نصیری نقل شده است که طرح تصادف به دستور مستقیم محمدرضا پهلوی بوده است.
محمدمهدی جعفری در کتاب خاطرات خود خودروی تصادف‌کننده را از اهالی برازجان معرفی و علت تصادف را انحراف خودروی حامل کافی به حاشیه جاده در اثر خواب‌آلودگی راننده عنوان می‌کند.
مرگ مشکوک مرحوم کافی۱۳۵۷/۴/۳۰درپی تحریم جشن نیمه شعبان
همه ساله با فرار رسیدن نیمه شعبان ، مهدیه تهران محل برگزاری یکی از باشکوه ترین جشنهای ولادت امام زمان ( عج ) بود . نیمه شعبان سال ۱۳۹۸ ه ق با روزهای پرشور حرکتهای مردمی علیه نظام سلطنتی همزمان گردید . به دنبال پرسشهای مکرر از امام خمینی در خصوص برپایی جشنهای شعبانیه ، معظم له طی اعلامیه ای ضمن تحریم برپایی جشنها فرمودند :
« … رژیم منحط برای مسلمین ایران عیدی نگذاشته است . دست شاه تا مرفق به خون ملت ایران فرو رفته و در حال حاضر ملت عزیز در عزای خود نشسته ، چگونه ممکن است کسی نظر دهد که جشن بگیرند و شادمانی کنند … »
مسئولان مهدیه تهران که از مدتها قبل در تدارک برپایی جشن نیمه شعبان بودند ، به تبعیت از این فرمان از برگزاری جشن خودداری نمودند . این اقدام انقلابی باعث خشم و عصبانیت رژیم شد .
در پی این اتفاقات حجه الاسلام کافی با فشار ساواک به مسافرتی رفت که دیگر برگشت نداشت . وی به همراه خانواده و راننده خود عازم زادگاهش مشهد مقدس گردید . در صبح روز جمعه پانزده شعبان ۱۳۹۸ ق برابر با سی تیر ۱۳۵۷ پس از اقامه نماز صبح در مسجد شیروان هنوز سی کیلومتر از شهرستان قوچان فاصله نگرفته بودند که اتومبیل آنها دچار سانحه شد.
همان روز جنازه وی را به مشهد برده و در مسجد جعفری ها قرار دادند . با انعکاس این خبر در مطبوعات جمعیت زیادی خود را آماده تشییع جناز وی نمودند . خصوصاً اینکه بسیاری سانحه تصادف را توطئه ساواک می دانستند .