صیاد شیرازی در بامداد ۲۱ فروردین ۱۳۷۸ به وسیله عوامل مسلح سازمان مجاهدین خلق در پوشش رفتگر، مقابل در منزل مسکونی‌اش واقع در تهران و در برابر دیدگان فرزندش ترور شد. در مراسمی با حضور رهبر سیدعلی خامنه‌ای و مقامات لشکری و کشوری و جمع کثیری از دوستدارانش، علی صیاد شیرازی در قطعه ۲۹ بهشت زهرا به خاک سپرده شد.