حضرت امام خمینی )ره( بعد از شهادت مهدی فرموده است: خداوند شهید اسلام (مهدی باکری) را رحمت کند. مقام معظم رهبری نیز در خصوص شهید مهدی باکری فرموده است: شهید باکری یکی از همین جوان هاست، من آن شهید را قبل از انقلاب از نزدیک می شناختم. این جوان مومن و صالح مشهد پیش من آمد، حق او بود که بعد از انقلاب یکی از سرداران این انقلاب بشود، چون صادق و مخلص بود و حق او بود که شهید بشود. حجت الاسلام والمسلمین شهید محلاتی در مورد شهید باکری گفته است: وی نمونه و مظهر غضب خدا در برابر دشمنان خدا و اسلام بود. خشم و خروشش فقط و فقط برای دشمنان بود و به عنوان فرمانده ای باتقوا، الگوی رافت و محبت در برخورد با زیردستان بود