آن جایی که شهید صفا علاقه شدیدی به وطن و خدمت به مردم داشت و آرزو داشت که بتواند دوره های آموزش دیده خود را به هم وطنان آموزش دهد به کشور بازگشت و در قدم اول در پایگاه کماندویی نیروی دریایی ارتش در بوشهر به عنوان فرمانده و استاد به تعلیم و تربیت کماندوها پرداخت.در روزهای اول پیروزی انقلاب که کشور شرایط خاصی داشت و افراد ضد انقلاب در گوشه و کنار آشوب گری می کردند محمدعلی نیز همگام با مردم انقلابی به دفاع از انقلاب پرداخت و هنگامی که در اردیبهشت ۱۳۵۸ که خرمشهر توسط نیروهای ضدانقلاب و آشوبگران جدایی طلب تهدید می شد شهید صفا به عنوان فرمانده با کماندوهای ویژه نیروی دریایی ایران به کمک محمد جهان آرا عازم خرمشهر شد وتوانست خرمشهر را از وجود ضد انقلابیون مسلح به سلاح های پیشرفته پاک سازی کند،اما او در هنگام درگیری با نیروهای ضد انقلاب از راه دور هدف تیراندازی قرار گرفت و از ناحیه شکم به شدت مجروح شد. پس از مجروح شدن وی را به بیمارستان انتقال دادند و پس از ۳ بار عمل جراحی قسمتی از روده های محمد علی قطع و برداشته شد،اما با روحیه قوی که داشت دوباره توانست سلامتی خود را به دست آورد.