رهبری و پیشتازی شیخ در نهضت مشروطه زبانزد خاص و عام است چنان كه دشمنان قسم خورده ی وی نیز به آن اذعان می كنند. در اول ظهور مشروطیت حاج شیخ فضل الله با سایر روحانیون مشروطه خواه هم فكر و هم قدم بود و با این كه با عین الدوله صدراعظم وقت دوست بود، در مهاجرت به حضرت عبدالعظیم و قم شركت كرد و تا صدور فرمان مشروطیت و افتتاح مجلس شورای ملی، كوچك ترین مخالفتی از او مشاهده نشد و  عین الدوله از حركت حاج شیخ فضل الله (مهاجرت به قم) بی اندازه ضعیف شد. حركت حاج شیخ فضل الله خیلی امر آقایان را قوت داد چه، مراتب علمیه ی او از دیگران بهتر و سلوكش نسبت به طلاب و اهل علم از دیگران خوش تر بود. و  پس از پیشرفت مشروطه و باز شدن مجلس، دیگران هر یكی بهره ای جسته به كنار رفتند ولی دو سید و حاج شیخ فضل الله همچنان بازماندند و چون مشروطه را پدید آورده ی خود می شماردند، از نگهبانی باز نمی ایستادند. ولی حاج شیخ فضل الله رواج شریعت را می طلبید شیخ از نخستین عالمان اسلامی آن دوران بود كه به نقشه ی استعمار در جهت اسلام زدایی و جایگزین ساختن حكومت لائیك تحت پوشش مشروطه و قانون اساسی پی برد و سعی كرد تا اجازه ندهد ملی گرایی به جای اسلام گرایی بنشیند و به نام آزادی و دموكراسی، بی بند و باری غربی در جامعه ی اسلامی ایران حاكم شود.