فراگیری بیشتر علوم دینی در سال 1346 راهی حوزه علمیه نجف اشرف گردید، همان ایام مصادف بود با تبعید حضرت امام (ره) و سلطه جائرانه سوسیال بعثیها، در عراق که دشوارترین دوره در عمر حوزه علمیه نجف اشرف بود. و با وجود موانع متعدد و فقر اقتصادی، شهید عارف حسین حسینی (ره) نخست در مدرسه علمیه «بشریه» و سپس مدتی بعد در مدرسه علمیه دارالحکمه سکنی گزید