مدتی پس از تشکیل سازمان مرکزی سپاه و ورود برخی از اعضای سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی به این عرصه، اختلافاتی میان سعید و چند نفر از ایشان، که جایگاه هایی کلیدی در شورای فرماندهی سپاه در اختیار گرفته بودند، به وجود آمد. از میان شاخص ترین این افراد می توان به «مهدی هاشمی»، برادر داماد آیت ا... منتظری و مسئول واحد نهضت های آزادی بخش سپاه اشاره نمود. وی که بعدها در سال 1366 طی اعترافات مفصلی به تفکرات خودمحور و خطرناک خود اشاره می کند، تاب تحمل کسی چون سعید را در فرماندهی سپاه منطقه ی حساس کرمانشاه نداشت و با سوء استفاده از نفوذ خود در بیت آقای منتظری، از هیچ کوششی برای تضعیف و ضربه زدن به سعید و جریان نیروهای حزب اللهی وابسته به او فروگذرا نمی نمود. متأسفانه تاریخ انقلاب در این گونه وارد کاملاً مسکوت است و نگارنده پس از مطالعه و کنکاش فراوان در رابطه با زمینه های اختلاف میان شهید سید محمد سعید جعفری، روحانیت و نیروهای حزب اللهی اطراف وی از یک سو و مهدی هاشمی معدوم و دار و دسته اش از سوی دیگر، به حقیقت جامعی دست نمی یابدحدود دی ماه سال 1358، سپاه منطقه ی هفت کشوری تشکیل می شود و سردار شهید محمد بروجردی فرماندهی آن را بر عهده می گیرد. شهید بروجردی نیز تحت تأثیر القائات منفی و سم پاشی های جریان منحرف مهدی هاشمی، نسبت به سعید کاملاً بدبین است و برای عزل وی از فرماندهی سپاه کرمانشاه تحت فشار شدید مهدی هاشمی قرار دارد.
چندی پس از عزل سعید از فرماندهی سپاه پاسداران کرمانشاه، وی در حوزه ی انتخابیه ی پاوه برای نماینگی مجلس شورای اسلامی کاندید می شود. اما باز هم همان جریان منحرف دست به کارمی شود