حسن باقری به‌عنوان مغز متفکر عملیات بیت‌المقدس، نابغه جنگ، استراتژیست و طراح جنگ از ایده‌های خلاقانه خود در شکست حصر آبادان، آزادسازی بستان و آزادسازی خرمشهر بهره جست و ایده‌پرداز عملیات مختلفی همچون ثامن‌الائمه، طریق‌القدس، فتح‌المبین و بیت‌المقدس شد.
در سال ۶۱ در حالی که مقدمات اعزام سفر حج برای او فراهم شده بود، ماندن در جبهه‌های نور را به سفر معنوی حج ترجیح داد و در نهایت در ۹ بهمن ۱۳۶۱، در شمال فکه و درحالی‌که فقط ۲۸ ماه در جنگ ۸ ساله حضور داشت به لقای پروردگار و درجه عظیم شهادت نائل آمد؛ مزار این شهید در قطعه ۲۴ گلزار شهدای بهشت‌زهرا (س) جای دارد