از نیمه دوم دهه 40 و سالهای آغازین دهه 50، دغدغه های آن شهید، متوجه برون داد فکری و دینی جریان موسوم به روشنفکری دینی بود و در برابر آن به شدت موضعگیری می‌نمود. وی به طور مشخص بر آثار دکتر علی شریعتی حساسیتی فراوان نشان می‌داد و علنا به نقد و تخطئه آن می پرداخت. سرانجام این عالم پرتلاش، درشب 15 رمضان 1358(شب میلاد امام مجتبی«ع»)و به هنگام افطار، در خانه خویش مورد سوء قصد قرار گرفت و در دم به شهادت رسید. هویت قاتلان وی همچنان سر به مهر ماند اما اکثر ناظران وتحلیلگران، اندیشه های «فرقان گونه»را مسئول این ترور می‌دانند.