نور امام بر حیات عراقی تابیدن گرفت آشنایی شهید عراقی با امام خمینی(ره) در قم در نیمه دوم دهه ۱۳۳۰، موجب شد تا آن شهید، گمشده خویش را در وجود شخصیت روحانی و انقلابی امام پیدا کند. مهدی عراقی که هیچ گاه ارتباط خود را با مرکز روحانیت ایران، شهر مقدس قم، قطع نکرده بود، در جریان رفت و آمدها به قم با حضرت امام آشنا شد و بار دیگر، مراد و راهنمای زندگی خود را یافت.  از این زمان، او سخت پیرو امام بود و و همه فعالیت‌های جهادی و سیاسی خود را با کسب تکلیف از امام خمینی(ره) دنبال می‌کرد. اندکی بعد، بر پایه رهنمودهای امام خمینی(ره) و با یاری کسانی چون شهید حاج محمدصادق امانی، ائتلافی به نام «هیأت‌های موتلفه اسلامی» را سازمان دادند. این همپیمانی هیأت‌های مذهبی در یکم خرداد ۱۳۴۱ آغاز شد. سال‌های چندی به گونه‌ای غیررسمی، شهید عراقی، دبیر کل موتلفه اسلامی به شمار می‌رفت. او، در این دوره صندوق مالی را در حزب ملل اسلامی و جمعیت موتلفه اسلامی راه‌اندازی کرد. امیر، فرزند ارشد شهید، در مصاحبه ای، ارادت او را به حضرت امام چنین شرح داد: " نکته مهم این است که حاج مهدی برای این رفتارش، حد و مرز و ملاک داشت. اگر خدمت امام (رحمه الله علیه) می رسید و نظر ایشان را راجع به برخی گروههای مبارز می پرسید، دیگر حاج مهدی دیروز نبود. یعنی کاملا مطیع بود.