فرزند شهید مؤیدی با اشاره به نحوه اطلاع از شهادت پدرش گفت: پس از فاجعه منا همه نگران بودیم تا اینکه بعد از مدتی لیست مفقودان اعلام شد، اما هنوز فکر می‌کردیم که ممکن است ایشان در بیمارستانی بستری شده باشند تا اینکه لیست قربانیان از سوی سازمان حج و زیارت اعلام شد و پیکر ایشان بیش از ۱۸ روز به کشور بازگشت و در قم تشییع و به خاک سپرده شد.
آیت‌الله «مؤیدی قمی» در فاجعه منا به شهادت رسید و تا یک هفته پس از این فاجعه دردناک خبری از پیکر این عالم نبود تا اینکه پس از گذشت بیش از ۲ هفته پیکر وی شناسایی و به کشورمان منتقل شد. پیکر وی ۲۲ مهرماه تشییع و نماز میت بر پیکر این عالم برجسته توسط آیت‌الله مکارم شیرازی اقامه شد و سپس پیکر آن مرحوم برای تدفین در بقعه ۳۵ حرم مطهرحضرت فاطمه معصومه (س) آرام گرفت.