شهید در سال 1340، عازم مشهد مقدس شد و در جوار بارگاه ملكوتی امامت و ولایت مسكن گزید و با پی ریزی مجالس بحث آزاد پیرامون مسایل اعتقادی و اجتماعی، مرحله ی نوینی از روشنگری را در میان قشر جوان آغاز كرد. خود وی در این زمینه گفته است: «فعالیت های سیاسی من قبل از سال 1340، شروع شد و این فعالیت ها بدین گونه بود كه وقتی به عنوان سخنرانی در شهرستان ها و جاهای مختلف به منبر می رفتم، انتقاداتی از رژیم گذشته داشتم و كراراً شده بود كه مرا به شهربانی احضار می كردند، تا آن جا كه ممنوع المنبر شدم. این آغاز فعالیت های من بود تا سال 1341، كه نهضت روحانیت تحت رهبری امام آغاز شد.» هاشمی نژاد در سال 1342، پس از سخنرانی پرشوری كه در تهران ایراد كرد، در شب پانزدهم خرداد به همراه 40 نفر روحانی دیگر، توسط مأموران رژیم دستگیر و به زندان افتاد. وی پس از طی دوران زندان به مشهد بازگشت و مبارزه با رژیم طاغوت را در این شهر پی گرفت. شهید در آبان 1343، در مسجد فیل مشهد به مدت 10 شب سخنرانی داشت. در این مدت ضمن حمله به لوایح ششگانه ی شاه، آن را یك رفراندم مسخره آمیز و تحمیلی نامید و به استیضاح حكومت شاهنشاهی پرداخت. ساواك مشهد سخت به وحشت افتاد و او را هنگامی كه از منبر پایین می آمد دستگیر كرد و مردمی را كه می كوشیدند تا از بردن ایشان ممانعت كنند به گلوله بست كه تعدادی شهید و مجروح و گروهی نیز دستگیر و با خود وی به زندان افتادند. پس از طی دوران زندان، مجدداً فعالیت های پیگیر و مداوم خود را در ادامه ی راه اسلام ناب، آغاز كرد و با تشكیل جلساتی به سؤال های مطرح شده، پاسخ می گفت. در طی این دوران چندین بار به شهربانی احضار و ممنوع المنبر شده و به خاطر همین تضییقات و فشارهای دیگری كه وجود داشت وظیفه ی خود را در جهت روشنگری اقشار مختلف جامعه در شهرهای دیگر پی گرفت و با سخنرانی های پرشور خود مردم را بیدار و آگاه می ساخت.