از این رو نقشه ی ترور وی طرح و در هفتم مهر 1360، در پایان كلاس درس، منافقی كه قبلاً به سبب داشتن موارد انحرافی از حزب اخراج شده بود، با نارنجك به ایشان حمله كرد و او را به شهادت رساند. او كه ارادت خاصی به حضرت جواد الائمه داشت، در روز شهادت آن بزرگوار هدف كینه ی منافقین كوردل قرار گرفت و دعوت حق را لبیك گفت و محل حزب جمهوری اسلامی را به خون خود رنگین كرد.
جنازه ی تكه تكه شده ی این شهیدعالی مقام در فردای آن روز برفراز دست های مردم عزادار مشهد، تشییع و در حرم مطهر علی ابن موسی الرضا علیه السلام به خاك سپرده شد. امام خمینی (قدس سره) در رثای این عالِم فرزانه فرمودند:(1)
« در روز شهادت امام جواد علیه السلام یكی از فرزندان آن خانواده به شهادت رسید. شهید هاشمی نژاد كه من از نزدیك با او آشنا بودم و خصال و تعهد آن شهید را لمس كرده بودم و مراتب فضل و مجاهدت آن بر اشخاصی كه او را می شناسند پوشیده نیست، امروز در روز شهادت آن سلف صالح، این خلف صالح و متعهد از دست ما گرفته شد. ما در عین حال كه از شهادت چنین جوانمردی فاضل، عالم و مجاهد متأثر هستیم، لكن از آن جا كه هر یك از این شخصیت ها از دست ما برود برای اسلام كمك و برای مخالفین اسلام لعن و نفرت و دلیل ضعف آن هاست.»