در اواخر دهه ۸۰، موضوع انتخاب جانشین برای سناتور آنیلی در شورای رهبری فیات مطرح شد و ادواردو را به دلیل اعتقادات مذهبی‌اش نامناسب تشخیص دادند، اما در واقع وارث اصلی او بود و باید بهانه‌ای برای کنار گذاشتنش پیدا می‌کردند. در همین زمان ماجرای ماریندی پیش آمد. در اکتبر ۱۹۹۰ رسانه‌ها اعلام کردند که به خاطر حمل ۳۰۰ گرم هروئین، وی را در شهر ساحلی ماریندی در کنیا دستگیر کرده‌اند. ماجرایی که اصلاً واقعیت نداشت و پلیس و دادگاه کنیا خیلی زود متوجه اشتباهشان شدند، اما خوراک مطبوعات ایتالیا که اکثراً زیر نفوذ پدرش بودند، فراهم شد و برخی حتی او را قاچاق‌چی نامیدند و تبرئه شدنش را به خاطر نفوذ پدرش می|دانستنند. بعد از آن با اینکه برخی مطبوعات به اشتباه خود در مورد ادواردو اشاره کردند، اما با گسترش شایعات، افکار عمومی برای معرفی جانشینی غیر از او برای مدیریت فیات آماده شد.در اوایل دهه ۹۰، پسر عمویش "جیووانی امبرتو" را به جانشینی انتخاب کردند. ادواردو نیز مخالفتی نکرد و حتی برای وی نامه نوشت و ضمن تبریک به او توصیه کرد که بازیچه دست پول پرستان نشود. اما در سال ۹۷، خانواده آنیلی با یک بحران مواجه شد. جیووانی در ۳۶ سالگی، بر اثر سرطان ناشناخته ای درگذشت. جالب این‌جاست که جورجو برادر سناتور آنیلی نیز در سن ۳۶ سالگی به مرگ مشکوکی در سال‌های دور کشته شده و سهم او بین بقیه تقسیم گشته بود. شورای رهبری نیز "جاکوب الکان" خواهرزاده وی را به جانشینی انتخاب کرد. این انتخاب ادواردو را به شدت ناراحت کرد. او این بار سکوت نکرد و حتی با قدرت در مقابل خانواده‌اش که تصمیم داشتند نام خانوادگی جان الکان را به آنیلی تغییر دهند، ایستاد و اجازه این کار را نداد. وی مصاحبه‌ای با روزنامه "مونیفست" که متعلق به حزب چپ ایتالیا و به لحاظ سیاسی مخالف پدرش بود انجام داد و به شدت انتقاد کرد.او در این مصاحبه گفته بود که درست بعد از تشییع جنازه پسر عمویش، جاکوب الکان که هنوز ۲۲ سالش نشده به سمت
هیات مدیره فیات منسوب شده بوده و او فکر میکند که این انتخاب، یک سقوط برای دم و دستگاه در بر داشته باشد. در دهه ۹۰ هیچ‌گونه مسئولیتی نداشت و اغلب اوقات را با مطالعه، سفر، روزنامه‌نگاری و فعالیت‌های بشر دوستانه گذراند. پدرش او را تهدید به محرومیت از ارث در صورت عدم ترک اعتقاد به اسلام کرده بود و او برای حفظ دینش حاضر به گذشت از میلیاردها دلار ثروت شده بود. او به خاطر اسلام آوردن، به شدت تحت فشار خانواده بود تا دست از اسلام بکشد. یک بار در امریکا به بازدید از یک کارخانه هلی‌کوپترسازی رفته بود و مقامات کارخانه و ژنرال‌های ارتش امریکا برایش توضیح می دادند. در بازدید به یک هلیکوپتر می‌رسند که در موردش می‌گویند این هلیکوپتر تمام تکنولوژی برتر جهان را در خود دارد و از همان هلی‌کوپترهایی است که در جریان طبس به کار رفته است. ادواردو می‌پرسد در طبس که این هلیکوپترهای امریکایی شکست خورده‌اند؟ و آن ژنرال امریکایی هم در پاسخش می‌گوید خدای آنها از هلیکوپترهای ما قوی‌تر بود. بعدها ادواردو به یکی از دوستان ایرانی‌اش گفته بود که با تمام سختی‌ها و مصائبی که به من وارد می‌شود هر از چند گاهی چنین جمله‌هایی من را سر حال می آورد!
پسر سلطان شراب ادواردو همواره به دنبال این بود که نزدیکانش را نیز با اسلام آشنا کند. در یکی از سفرهایش به ایران، یکی از دوستانش را با خودش آورده بود. جالب است که آن دوستش هم پسر سلطان شراب ایتالیا بود که بعد از مدتی او هم اسلام آورد و مسلمان شد و فرزند بزرگترین تولید کننده و صادرکننده شراب ایتالیا از طریق آنیلی مسلمان شد. او هنوز زنده است ولی منزوی است و در آپارتمانی در شهر رم زندگی میکند. ادواردو با اینکه به دلیل موقعیت مالی و سیاسی خانوده اش با بسیاری از رهبران سیاسی و مذهبی جهان ملاقات کرده بود، اما در ملاقات با حضرت امام(ره) به شدت شیفته سادگی ، عظمت و معنویت ایشان شده بود. این ارتباط عملاً مسیر زندگی ادواردو را عوض کرد. ایگورمن خبرنگار روزنامه لاستامپا ایتالیا می گوید: وقتی ادواردو از ملاقاتش با حضرت امام و تحت تاثیر قرار گرفتنش صحبت می کرد، من احساس کردم که امام او را سحر کرده است.ادواردو همچنین یک ماه قبل از شهادتش قصد داشت به ایران بیاید، ولی والدین او برای ممانعت از این سفر، گذرنامه اش را پنهان کرده بودند.دکتر قدیری ذکر می کند که برای خانواده آنیلی خیلی سخت بود که در کشور ایتالیا که مرکز مسیحیت کاتولیک است بگویند که پسر سناتور آنیلی به اسلام رو آورده است . بنابر این ادواردو را به شدت تحت فشار قرار دادند تا از اسلام دست بردارد.تحریم و تهدیدش کردند که از ارث محروم خواهد شد و حتی از ارث محرومش کردند، ولی او دست از اسلام بر نداشت و این خود به تنهایی می‌تواند احتمال خودکشی او را منتفی کند، چون او که برای حفظ دینش حاضر به گذشت از میلیارها دلار ثروت شده بود، چگونه ممک