در ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی، شهید محمد بروجردی مسئولیت مدیریت زندان اوین را برعهده گرفت و معتقد بود که «ما در دستگاه عدالت انقلاب، ضابطیم، نه قاضی، اگر بخواهیم به عنوان ضابطین محکمه انقلاب همان برخوردی را با این زندانیان داشته باشیم که قبل از پیروزی، آنها با ما داشتند، پس دیگر چه فرقی میان یک انقلابی مسلمان با یک ساواکی وجود دارد؟ اگر در بین برادران ما، کسی هست که به برخورد بنده با اینها (زندانیان) اعتراض دارد، برود احکام مربوط به اسیر و زندانی را در متون شرعی پیدا کند و بخواند».
بروجردی برای اینکه در کردستان ثبات ایجاد کند، با تلفیقی از نیروهای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و نیروهای بومی کُرد، سازمان پیشمرگان مسلمان کُرد را تشکیل داد. وی به مردم کردستان بسیار عشق میورزید، تا جایی که بارها گفته بود: «آن کس که مردم کردستان را دوست داشته باشد، میتواند در کردستان کار کند.» و همچنین میگفت: «من به این مردم محروم و ستمدیده علاقه دارم».