در سال1363 مزدوران بعثي عراق در يك حمله‌ناجوانمردانه،
👈 70 نفر از خانواده وي را كه دربين آنان كودكان و افراد مسني چون سيد يوسف حكيم، سيد محمد حسين‌حكيم و محمد علي حكيم بودند، دستگيركرده و به زندان انداختند و کلا 90 نفر از خانواده وي به دست رژيم بعثي عراق به شهادت رسيدند.
حكيم در مدت 22 سال تبعيد از هفت حادثه سوء قصدكه توسط رژيم بعثي ترتيب‌داده شده بود، جان سالم به در برد.
با توجه به اين‌كه وي جهاد مسلحانه را از مهمترين راههاي مبارزه با رژيم بعث عراق مي‌دانست، اقدام به تشكيل سپاه بدر، شاخه نظامي مجلس اعلاي‌انقلاب اسلامي عراق نمود كه خود مستقيما رياست آن را برعهده داشت.
👈 سيدمحمدباقر حكيم بيش از 60 كتاب و رساله در رشته هاي مختلف علوم اسلامي شامل فقه، تفسير، علوم قرآني، جامعه شناسي، اقتصاد، تاريخ و علوم سياسي به رشته تحرير درآورد. بر اساس اعلام دفتر حكيم در تهران وي از علما و مراجع بزرگ نظير آيت‌الله سيدمحسن حكيم، امام خميني(رض)، آيت الله گلپايگاني، شهيد سيدمحمدباقر صدر، آيت الله سيدابوالقاسم خويي، آيت الله خامنه اي مقام معظم رهبري و برخي ديگر از علما و مراجع داراي اجازه بود.
از شاگردان محمد باقر حكيم مي‌توان به شهيد سيد عبدالصاحب حكيم، محمدباقر مهدي و شهيد سيد عباس موسوي (اولين دبير كل حزب‌الله لبنان) اشاره كرد.