محمدجواد باهنر، در سال ۱۳۱۲ شمسی در کرمان متولد شد. او تحصیلات حوزوی را از ۱۱ سالگی در مدرسه معصومیه کرمان آغاز کرد و به موازات آن در مدارس جدید نیز تحصیل کرد. در ۱۳۳۲ش برای ادامه تحصیلات حوزوی به قم رفت و پس از تکمیل درس‌های سطح، در درس خارج فقه آیت‌الله بروجردی به مدت شش سال و در درس فقه و اصول امام خمینی به مدت هفت سال شرکت کرد. او در این ایام در درس اسفار و تفسیر علامه طباطبایی نیز حاضر می‌شد. باهنر مدتی نیز در حوزه علمیه نجفاز درس استادان آن حوزه استفاده کرد.
باهنر در قم تحصیلات دبیرستانی را نیز ادامه داد. او در سال ۱۳۳۷ش به دانشکده الهیات دانشگاه تهران راه یافت، دوره کارشناسی این دانشکده را به پایان رساند و دوره کارشناسی ارشد علوم تربیتی را نیز در دانشگاه تهران با موفقیت گذراند. سپس به ادامه تحصیل در دوره دکتری همان دانشکده پرداخت.
سال ۱۳۴۲ به استخدام وزارت آموزش و پرورش در آمد و علاوه بر تدریس با دفتر تحقیقات و برنامه‌ریزی وزارتخانه همکاری داشت و برنامه‌های تعلیمات دینی کلاس‌های مختلف تحت نظر وی تهیه و تنظیم می‌شد. کتاب‌های دینی تألیف وی نقش چشمگیری در آگاه‌سازی جوانان و نوجوانان قبل از انقلاب ایفا نمود. شهید باهنر با سخنرانی‌های خود در مساجد، مجالس روضه، هیئت‌ها و حسینیه‌ها ضمن ابلاغ اندیشه‌های امام خمینی و برنامه‌های نهضت، مقدمات آمادگی اعتقادی مردم ایران را برای مبارزه با حکومت پهلوی فراهم می‌کرد