در نجف اشرف، شهر امامت و فقاهت:  در سال 1365 ق. که دوازده ساله بود همراه برادرش سيد اسماعيل به نجف اشرف رفت تا در محضر اساتيد بزرگ حوزه علميه شهر امامت، به تحصيلات عالي بپردازد. او دوره عالي فقه و اصول را در نزد مرحوم آيت الله العظمي سيد ابوالقاسم خويي و مرحوم آيت الله شيخ محمد رضا آل ياسين گذراند. فلسفه اسلامي (اسفار ملاصدرا) را از مرحوم «شيخ صدرا بادکوبه اي» آموخت. و در کنار آن، طي سالها، فلسفه غرب و نظرات فلاسفه غير مسلمان را به دقت مورد تحقيق و نقد قرار داد. کتاب «فَلسفَتُنا» (فلسفه ما) گوياي ابعاد گسترده انديشه هاي فلسفي سيد محمد باقر صدر است.  در ديگر رشته هاي علوم مثل حديث، رجال، درايه، کلام و تفسير نيز سالها به تحصيل و تحقيق و مطالعه گذراند و به کمال رسيد.  سيد محمد باقر در طول هفده _ هيجده سال تحصيل (از آغاز تا پايان) علاوه بر استفاده از هوش و استعداد و نبوغ فوق العاده اش، روزانه حدود شانزده ساعت به تحصيل و مطالعه و مباحثه و تحقيق مي پرداخت و خودش نيز هميشه مي گفته است که من به اندازه چند طلبه درسخوان، تلاش مي کنم. در سايه اين پشتکار بود که بر همه مشکلات فايق آمد و در کسب دانش و فضيلت به مقامي عالي دست يافت.  تعليم و تربيت:  سيد محمد باقر از بيست سالگي با تدريس کتاب «کفايه الاصول»، تعليم و تربيت طلاب جوان را آغاز کرد. از بيست و پنج سالگي به تدريس خارج اصول و از بيست و هشت سالگي به تدريس دوره خارج فقه براساس کتاب «العروه الوثقي» پرداخت. بعدها فلسفه و تفسير قرآن نيز تدريس مي کرد. او در طول نزديک به سي سال تدريس و تعليم، شاگرداني جوان، محقق، پرشور، متقي، متفکر، آگاه، مجاهد و سياستمدار تربيت کرد که هر يک از آنها بعدها پرچمدار نشر علم و فرهنگ و آيين جهاد در راه خدا شدند و بعد از استادشان، راه علمي، فکري و سياسي _ اجتماعي او را ادامه دادند.