دوران مرجعيت:  دوران مرجعيت آيت الله سيد محمد باقر صدر، پس از وفات آيت الله حکيم (1390 ق) آغاز شد و بسياري از مردم عراق از او تقليد کردند. در سال 1392 ق. رژيم بعث عراق، بيش از پيش از تحرکهاي ضد استبدادي حزب دعوت اسلامي و ديگر گروههاي مبارز و مسلمان به وحشت افتاد. بنابراين با يورش به خانه هاي مبارزان و مجاهدان، عده زيادي را دستگير و زنداني کردند. آيت الله صدر نيز با اينکه بيمار بود و در بيمارستان نجف بستري شده بود، تحت نظر مأموران سازمان امنيت رژيم بعث قرار گرفت. تا اينکه با اعتراض مردم و علما، سازمان امنيت دست از او برداشت.  از حوادث مهم ديگر در دوران مرجعيت آيت الله صدر، حرکت اربعين سال 1397 بود. مردم نجف از قديم هر سال در روز اربعين حسيني، مويه کنان و عزادار، با پاي پياده از نجف تا کربلا راهپيمايي مي کنند. در آن سال، آيت الله صدر هر چه در توان داشت به هيئتهاي عزادار مساعدت کرد تا مراسم شورانگيز اربعين را هر چه با شکوهتر برگزار نمايند. آن روز دهها هزار نفر در قالب عزاداران حسيني، اعتراض خود را عليه سلطه ضد انساني رژيم بعث عراق، اعلام کردند.  به دنبال آن قيام تاريخي، آيت الله صدر، را دستگير و به سازمان امنيت بغداد منتقل کردند، در آنجا پس از بازجويي، هشت ساعت تحت شکنجه جسمي و روحي قرار دادند. آثار آن شکنجه ها، تا آخر عمر در بدنش هويدا بود و به سختي مي توانست از پله ها بالا برود.  يکي از برنامه هاي خطرناک رژيم بعثي عراق، «بعثي کردن نظام آموزش و پرورش» بود. به همه دست اندرکاران امور تعليم و تربيت از مدارس گرفته تا دانشگاهها تکليف کردند که به حزب بعث عراق بپيوندند و برنامه هاي ضد اسلامي آن را در تمام سطوح آموزش کشور اجرا کنند... در اين هنگام، آيت الله صدر در مقام مرجعيت و يگانه پرچمدار مبارزه با حزب کافر بعث، با صدور فتوايي، پيوستن به حزب و هر گونه همکاري با آن را تحريم کرد. اين فتوا، تکليف مردم را روشن ساخت و مردم از پيوستن به حزب و عضويت در آن پرهيز کردند.  در آستانه پيروزي انقلاب اسلامي:  آيت الله صدر، از حاميان صادق امام خميني و انقلاب اسلامي بود، امام در پاريس بود که سيد محمد باقر صدر، طي نامه اي پشتيباني خود را از ايشان و ملت انقلابي ايران اعلام، و از مقام شهداي انقلاب، تجليل کرد. همين فعاليتهاي او بود که ملت مسلمان عراق را به سوي حمايت از مردم ايران سوق مي داد. در شب 22 بهمن 1357 که شب پيروزي شکوهمند مردم مسلمان و انقلابي ايران به رهبري امام خميني (ره) بر طاغوت آمريکايي بود. آيت الله صدر در مسجد جواهري نجف اشرف به منبر رفت و براي مردم مسلمان عراق از انقلاب اسلامي ايران و نقش امام خميني در احياي انديشه هاي ديني و اصلاح امت اسلام، سخن گفت و تکليف مردم عراق را در برابر حکومت ضد ديني بعثي، معين کرد: قيام!.....  قيام.......  فرداي آن شب، مردم عراق به دعوت رهبر خود، براي حمايت از انقلاب اسلامي ايران و رهبري امام خميني، در بسياري از شهرهاي عراق راهپيمايي کردند.  از ديگر کارهاي آيت الله صدر، در جهت حمايت از انقلاب اسلامي ايران، تأليف سلسله کتابهاي «الاسلام يقود الحياه» در شش جلد بود که شامل بحثهايي نظير: قانون اساسي جمهوري اسلامي ايران، منابع قدرت دولت اسلامي، اقتصاد جامعه اسلامي و ...... مي شود.