جرم شهید آیت‌الله شیخ فضل‌الله نوری مقابله با قوانین غربی و غیراسلامی بود. او می‌خواست قانون اسلامی بر جامعه ایران حاکم باشد. امام خمینی در این‌باره می‌فرمایند: «جرم شيخ فضل‌الله بيچاره چه بود؟ جرمش اين بود كه [می‌گفت] قانون بايد اسلامى باشد. جرم شيخ اين بود كه احكام قصاص [را] غيرانسانى نمى‌دانست، انسانى مى‌دانست.»
شيخ در آخرين دقايق حيات خويش ماندگارترين جملات را از خود به يادگار نهاد: «خدايا! تو شاهد باش كه من آن‌چه كه بايد بگويم به اين مردم گفتم... خدايا! تو خودت شاهد باش كه در اين دم آخر هم باز به اين مردم مى‌گويم كه مؤسسين اين اساس لامذهبين هستند كه مردم را فريب دادند... اين اساس، مخالف اسلام است... محاكمه من و شما مردم بماند پيش پيامبر محمدبن‌عبدالله(ص)».