در واقعه ی هشت شهریور سال 60، شهید رجایی در مقام رئیس جمهور و شهید باهنر در جایگاه نخست وزیر، به صورت کاملاً مشکوکی ترور شدند. بخش هایی از حقیقت ماجرای این ترور که تا امروز نمایان شده این است که فردی به نام «کشمیری» – که خود را بسیار متدیّن و انقلابی نشان می داد- به واسطه ی برخی از اعضای «سازمان مجاهدین انقلاب» به ویژه «بهزاد نبوی»، در حلقه ی یاران شهید رجایی نفوذ داده شد و پس از انجام عملیات ترور، از سوی خود همین افراد، از کشور متواری گردید. تنها کسی که توانست به لایه ی زیرین این داستان پی ببرد، شهید مظلوم، «سید اسدالله لاجوردی» بود که به سبب مسؤولیت خود در قوّه ی قضائیه، این پرونده را در اختیار گرفت. اما نفوذ سیاسی سازمان مجاهدین انقلاب در قوه ی قضائیه موجب شد این پرونده به سرانجام نرسد، تا آن جا که موسوی خوئینی ها موفق شد این پروند را «خاتمه یافته» اعلام کند و بهزاد نبوی و سایر نقش آفرینان این واقعه را از زیر تیغ عدالت شهید لاجوردی برهاند. به این ترتیب، موسوی خوئینی ها، خوش خدمتی بسیار بزرگی به هسته ی مرکزی سازمان مجاهدین انقلاب کرد. در این دوره، وی به شدّت از نگرش «سوسیالیستی» در اقتصاد و «ضدّامپریالیستی» در سیاست خارجی دفاع می کرد و هیچ گونه نقد و مخالفتی را در این حوزه، برنمی تابید. اما «تظاهر سیاسی»، جامه ای بود که او در تعویض و جایگزینی آن، مهارت خاصی داشت؛ چراکه وی با رحلت امام، با شخصیت دهه ی شصتی خود وداع کرد و در قالب و قامتی نو، جلوه گر شد. با رحلت امام، خودسانسوری سیاسی و ایدئولوژیک موسوی خوئینی ها، تا اندازه ای پایان یافت؛ چنان که او دیگر در به نمایش نهادن پاره هایی از افکار و اندیشه های ضدّانقلابی خود، چندان پروا و هراسی نداشت، زیرا تصور می کرد که دیگر سدّ آهنینی چون امام در مقابلش قرار ندارد و به راحتی می تواند از خطوط قرمز عبور کند.