در پی استعفای مهدی کروبی از سمت دبیر مجمع روحانیون مبارز در سال ۱۳۸۴، این مجمع، موسوی خوئینی‌ها را به عنوان دبیر برگزید. وی به همراه مجمع، در انتخابات ریاست جمهوری سال 88، از میرحسین موسوی حمایت کرد. او پس از برگزاری انتخابات نیز، مواضع ساختارشکنانه ای را اتخاذ کرد و رسماً خواستار ابطال انتخابات شد. شخص موسوی خوئینی‌ها، دو روز پیش از برگزاری انتخابات، در اطلاعیه‌ای با اشاره به وجود احتمال تقلب گسترده در انتخابات، از همگان خواسته بود تا برای صیانت از آرای مردم، از تمام توان خود استفاده کنند. نقش کانونی او در جریان فتنه ی سال 88، به هیچ رو، قابل انکار یا تردید نیست. شواهد متعدد حاکی از این است که او از نقش آفرینی در فتنه، هدفی فراتر از ابطال انتخابات را دنبال می کرده است. سردار محمدعلی جعفری، فرمانده کل سپاه پاسداران، با اشاره به رصد امنیتی مجالس و محافل خصوصی اتاق فکر فتنه ی سال 88، درباره ی موسوی خوئینی ها با صراحت می گوید: «او[موسوی خوئینی ها] در بهمن ۱۳۸۷ در یک جلسه ی خصوصی گفته بود: ما باید بیاییم و توان خود را بگذاریم و به هر قیمتی، رهبری را از تخت پایین بکشیم...» درباره ی نقش آفرینی عمده ی او در فتنه ی سال 1378 و فتنه ی سال 1388، تردیدی در میان نیست. رهبری پنهان و در سایه ی او در فتنه سال 1388، واقعیتی است که به تأیید نهادهای امنیتی نظام اسلامی رسیده است. با وجود تأکید مقام معظم رهبری در نماز جمعه ی تاریخی 29 خرداد، مبنی بر پایان دادن به لشکرکشی خیابانی و حرکت در چارچوب قانون، مجمع روحانیون مبارز با هدایت شخص موسوی خوئینی ها، با صدور بیانیه ای، مردم را به برگزاری راهپیمایی در روز 30 خرداد تحریک و تشویق کرد. این اقدام، سبب عمق یافتن آشوب و تنش، و همچنین بروز درگیری های خونینی در تهران شد. با شروع انتخابات ریاست جمهوری 92، مجددا موسوی خوئینی ها و یاران وی در حزب مشارکت و سازمان مجاهدین و مجمع روحانیون فعال شده و درصدد تأثیرگذاری بر انتخابات هستند. با این تفاوت که این بار، سربازان گمنام امام زمان و همین طور مردم بابصیرت ایران، هوشیارند و اجازه جولان به آنان نخواهند داد.